与明朝在两广把一手好牌打个稀碎不同，大西军在云南收拾局面，已经把这块既有沙定洲叛军，又有杨畏知明军；既有末代黔国公沐天波的藩军，又有众多土司土军的稀碎土地整合得差不多了。
自从四月二十四日进入昆明以后，孙可望以擅升帅旗之罪杖责李定国，进一步确立了自己的“盟主”地位，然后他调兵遣将，开始了平定云南各地。
首先在滇南方向，五月十九日，李定国率兵抵达沙定洲重点防御的临安府（府治今建水），临安守军龟缩城中，不敢出战，李定国也不攻打，下令挖掘坑道，历时三天，二十二日终于挖到了城墙之下，于是填塞火药，点燃引信，“放迸法”一击奏效，临安东南角的一大片城墙在一片烟尘之中飞上了天，大西军从豁口处蜂拥而入，迅速占领了全城。
占据临安府城，叛军势力被压缩到了阿迷州（州治今开远）和蒙自一带，虽然这里是沙定洲的老巢，属于核心区域，经营日久，但其实叛军已经是强弩之末了，虽是老巢，也不难攻取，李定国筹集粮草物资，打探道路险夷，积极准备下一步作战，不料明朝原来的昆阳知州冷阳春和晋宁举人段伯美突然发动叛乱，切断了临安与昆明的联系，李定国唯恐后方有失，只得放弃攻打阿迷，“星夜回兵”，又于六月二十三日平定了两州叛乱，沙定洲这才得以苟延残喘。
其次在滇西北地区，刘文秀统兵由昆明北上，经富民收取了武定、和曲、禄劝等地，然后迅速挥兵向西，先后占领了鹤庆、丽江、剑川等战略要地，把滇西北地区纳入了囊中，与昆明一东一西对沐天波和杨畏知盘踞的大理、永昌（今保山）、楚雄地区形成了夹击之势。
这时已是八月，外围战打完了，接下来就该主角登场了，孙可望命令艾能奇留守昆明，自己亲自领兵，西征楚雄的杨畏知。
杨畏知，字介甫，陕西宝鸡人，崇祯三年（1630）以陕西乡试第一高中举人，会逢高迎祥自称“闯王”，率领饥民起义，攻打宝鸡，杨畏知乃组织乡勇抵抗，勇猛识略，为知府所赞，遂成名，后来又随陕西巡抚孙传庭多次与李自成交战，颇有战功，崇祯十三年（1640）以保举特用，历官云南副使、分巡金沧道，弘光元年（1645）自大理率兵讨平吾必奎叛乱，因而移镇楚雄，又据守孤城对抗沙定洲一年有余，叛军攻势最猛的时候，分兵七十二营，重重围困，日夜用大炮猛轰，都没能拿下楚雄，孙可望有什么高招就一定会拿下楚雄？
答曰：野战制胜！
人类的知识多从经验中来，但是经验也会束缚人类的头脑，杨畏知就是囿于成见，仍以崇祯十三年以前的老眼光来看待大西军，以为孙可望等人还是原来的流贼，根本就没有能力与官军正面对抗，所以听说流贼竟然敢来攻打楚雄，不由得勃然大怒，想都没想便就率兵出城，反而杀向昆明而来，看那个架势就是不仅要把孙可望击败，而且还要乘势收复昆明的意思，把“知己知彼”的金科玉律完全抛到了脑后，还舍弃了擅长的守城战，改取大西军更擅长的野战，他不败谁败？
所以理所当然的，明军大败于禄丰县城东面的狮子口，杨畏知投水不死，被大西军活捉，孙可望情知杨畏知坚决抵抗沙定洲叛乱，在明朝官员中的威望很高，于是亲自前来见他，想要进行劝降，杨畏知却只是踞坐而骂，连个起码的礼仪都不讲。
孙可望并不生气，反而恭敬施礼，表明大西军入滇其实是为了讨逆扶明，愿与杨畏知“共事”，杨畏知自然不信，孙可望乃折箭起誓，杨畏知这才相信，提出了三个条件：“一不得仍用伪西年号，二不得杀人，三不得焚庐舍、淫妇女。”如果孙可望同意，他就投降；不同意，情愿一死。
孙可望哑然失笑，暗道杨畏知真是两眼一抹黑，什么也不知道。
这三个条件中的第二条和第三条，大西军早就在这样做了，至于第一条，貌似最难同意，但其实孙李刘艾四位大西军的话事人连张献忠的皇后、他们的干娘都给杀了，早就已经背叛了所谓的“伪西”，什么年号国号的还重要吗？反倒趁着这个机会跟张献忠做好切割才更有利，让一切归零，重新成为白纸一张，这样才好写字作画嘛！
所以孙可望立即就接受了杨畏知的条件，提出暂时以干支纪年，待到与明廷取得联系，再改奉明朝正朔，杨畏知以为这是等待朝廷封赏的意思，虽然不见兔子不撒鹰，未免小家子气，却也知道第一步只能走到这里了，全没料到孙可望其实另有野心，于是达成协议，投降了孙可望，随即致书永昌，说明孙可望的善意，建议沐天波也与孙可望和解，“共扶明后，恢复江山”。
沐天波信任杨畏知，却不信任孙可望，担心杨畏知身陷敌营，不得不写了这么封信，于是派遣儿子沐忠显入孙可望营打探虚实，孙可望知道沐氏自从明初以来世镇云南，佩征南将军印，在军卫、土司中享有很高的威望，是块金字招牌，抓到手里对平定云南十分有利，所以对沐忠显礼遇甚厚，沐忠显大喜，返回永昌向父亲报告，谁料孙可望却又命令刘文秀偷偷派兵跟着沐忠显，突然发动袭击夺下了澜沧桥，随即进入永昌，控制住了沐天波，这下沐天波没得选择，想合作也得合作，不想合作也得合作了。
于是，孙可望利用这块金字招牌，让沐天波行文招抚各地土司，沐氏的威望也的确不是盖的，行文所到之处，“各土司次第来归”，从八月份孙可望发兵算起，“去方三月，而迤西尽平”，截止到目前，也就是永历元年（顺治四年，永昌四年，1647）的十月份为止，云南全省基本平定，只剩了阿迷州和蒙自地区仍在沙定洲叛军的控制之下，另外还有四川南部紧挨着云南的东川府（府治今会泽）土司禄万亿、禄万兆心存观望，不肯按额纳饷。