皇帝跑了，坚守桂林的重担又落到了瞿式耜头上，可是还没等他开始部署，忽有消息传来，滇营赵印选打算撤离桂林。
瞿式耜闻报心情沉重，只得派人找来赵印选，反复劝说，希望他以大局为重，不要在这个时候弃桂林而去，可是赵印选刚刚损失了一千精兵，早已心灰意冷，只以自己是何腾蛟标镇为名，死活不肯留守，非要去找何腾蛟不可，正在争执不下之际，忽然又有消息传来，滇营进城了！
瞿式耜闻报大惊，怒目瞪向赵印选，质问道：“你既欲走，何故又命令兵马入城？是何用意！”
“这不是我的命令！”赵印选同样大惊，腾的一下站了起来，迈步便往外走，说道：“我去看看他们想干什么！”
“慢着！”瞿式耜也腾的一下站了起来，断喝道：“你哪也不能去！”
“瞿相什么意思？”赵印选怒了，回头也瞪向了瞿式耜。
“没什么意思！”瞿式耜不为所动，冷冷说道：“既然不是你的命令，且看他们做些什么再说。”
“瞿相！”赵印选明白瞿式耜是怀疑他的忠心，急道：“兵丁缺吃少穿，前日又损失了一千精锐，军心已散，不待命而擅自行动，我若及时出去，尚能劝说一二，若不见我，只恐激出变故。”
全州退回来的兵马全都在榕江列营，仅每日需米即达数百石，供应极其困难，虽然瞿式耜多方筹集，“得升，升往；得斗，斗往”，尽其所能以供军需，但是仍然供不应求，要说兵丁缺吃少穿并非危言耸听，这样的军队一旦失去指挥，很可能变成强盗，瞿式耜闻言也强硬不起来了，略一沉吟，说道：“那好，我与你一同出去！”
“快走！”赵印选闻言更不迟疑，转身便往外走，可是已经来不及了，二人刚到仪门（二门），又有消息传来，乱兵在城内大肆劫掠，闯进了皇帝行宫，太常卿黄太元打算阻止，竟被乱兵锤杀。
瞿式耜闻报目瞪口呆，缓了一会儿才回过神来，忙对赵印选说道：“果然出了乱子！请赵将军速速弹压！”
“晚了，”赵印选连连摇头，苦笑道：“乱势已成，即便是我也难以制止。好在兵丁们只是为了钱财，待到抢掠够了，自然就会息止。切莫强硬以待，当以黄太元为戒。”
瞿式耜无颜落色，虽然心有不甘，却也无可奈何，只得命令关闭留署大门，以防乱兵涌入，可是这种时候，只是两扇大门又能挡得住谁？很快便有乱兵砸坏大门冲了进来，见到瞿式耜端坐在大堂中间，赵印选按剑侍立在侧，却也不敢造次，上前施礼道：“小的们并非犯上作乱，只是当兵卖命，不能让小的们饿肚子，小的们别无所求，只求一二两薄银聊以解饿。”
瞿式耜不说话。
赵印选上前一步，说道：“瞿相倾尽所有筹粮筹饷，并非有意克扣尔等，尔等亦当知情。”
“他也会饿肚子吗？”乱兵并不领情，质问道：“仗不用他打，命不用他送，肚子也不用他饿吗？要饿一起饿！”
赵印选无言以对，一时不知说什么好。
瞿式耜站了起来，说道：“筹粮不力是我的过错，尔等既欲自筹，本官也不阻拦，这衙门里所有之物，若能换得一顿饱餐，任凭尔等取去，只求不要伤人性命。”
“多谢相爷！”乱兵纷纷致谢，却也并不客气，四散抄检财物，瞿式耜穷得很，家里值钱的东西早就变卖筹粮了，众兵丁翻检一番，也没得到什么，只得悻悻而去，虽然不满，却也对这样的官员心有敬意。
同样悻悻的还有闯进行宫的乱兵。
朱由榔自从登基以后，一直在颠沛流离之中，最惨的时候还要靠侯性打劫来供养，好不容易攒了点细软，这次逃跑能带走的全都带走了，宫里同样空空如也，乱兵只能把没带走的被褥等物搜刮而去，打劫的和被打劫的其实都挺惨。
滇营洗劫桂林，城内烟火蔽天，惹怒了城外的焦琏，派人面见瞿式耜，说道：“强敌外逼、奸宄内讧，公如出城至琏军中，琏当兴兵平乱，俟其出城，四面击杀，不数日贼必可尽。”
瞿式耜心有愧疚，不肯听从，说道：“自相攻杀，恐伤百姓，还请新兴伯稍安勿躁，待其自止为上。”
使者只好回报焦琏，焦琏不解，扼腕叹道：“乱兵剽掠，已伤百姓，不意瞿公竟出此言！”
劫掠持续了一天，皇帝穷、瞿式耜穷、其他官员富户可不穷，乱兵收获颇丰，傍晚时分才出城回营，赵印选没脸再在桂林待下去，第二天领兵去了永宁，其余诸营也都纷纷向柳州方向撤去，只剩焦琏仍然未走，瞿式耜召其入城，共同安抚善后，又逢何腾蛟听闻桂林之变，带领胡一青、周金汤、熊兆佐等部赶来弹压，却只见到了满目疮痍，却也只能望而兴叹。
张能也听说了桂林之变，想要乘乱取之，引兵也来到桂林城下，正欲攻打，忽有信使来报，陈友龙已经打下了武冈，宝庆（今邵阳）防御使刘龙虎请求张能回援，不由得喟然长叹道：“可惜我的兵力不足，南北难以兼顾，哪怕再有五千兵，也不至于让陈友龙拖住后腿！”
他动了退兵之心，可是明军却出城了，一共分为三路，胡一青以滇兵出文昌门（东南门），周金汤、熊兆佐以楚兵出榕树门（南门），焦琏以桂兵出北门，不由得勃然大怒，骂道：“全州城下胜我一阵，莫非真以为我软弱可欺吗？且待击破这些蛮子，再退不迟！”
他还真说对了，明军由于全州之胜，自信心爆棚，真有些没把他放在眼里，尤以焦琏最为傲慢，奋臂顾左右说道：“败军之将，何用三军！且看我为诸军破敌！”说罢，横矛直奔顺军，顺军步兵炮万炮齐鸣，炮子如同飞蝗一般迎面打来，焦琏自恃甲厚，犹自冲锋不止，部将刘起蛟担心焦琏有失，大呼驰入，与焦琏会击，赵兴、白贵也都挥军大进，想要接应焦刘二人，奈何顺军火力太猛，白贵一上来就被打成了筛子，所部损失惨重，赵兴正在进退不得之际，胡一青引兵杀到，乃与焦琏合兵再战，可是在强大的火力面前，“骑牛蛮子”也不好使了，幸有周金汤、熊兆佐引兵横击，才让顺军的攻势稍挫，明军个个胆寒，全没了刚才的傲慢，不敢继续发动进攻，好在张能无心恋战，见到明军结阵自保，情知急切难以取胜，同样不再进攻，下令交替掩护，缓缓退出了战场。